Expérience professionnelle : – depuis octobre 1999 : Professeur des Universités de l’Université Paul Sabatier (section CNU 67, Biologie des populations et Ecologie), Département d’enseignement Biologie & Géosciences de la Faculté Sciences et Ingénierie. Affectation depuis 2007 au Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement (UMR 5245 CNRS / UPS / INPT). – d’octobre 1992 à septembre 1999 : Maître de conférences de l’INSA Toulouse, département Génie Biochimique et Alimentaire (section CNU 64, Biochimie et Biologie moléculaire). Affectation au Laboratoire Biotechnologies Bioprocédés (UMR 5504 CNRS, UR 792 INRA, INSAT). – de mars 1990 à septembre 1992 : Ingénieur de recherches, société IDE Environnement, Toulouse. Titres et diplômes : – 1999 : Habilitation à Diriger des Recherches de l’UPS, spécialité Génie Microbiologique (garant Pr G. Goma). – 1990 : Doctorat INSA Toulouse (n° 119), spécialité Microbiologie : « Etude des mécanismes de transfert gazeux en présence de vecteurs d’oxygène – Cas des fermentations » (directeur Pr G. Goma). – 1985 : Diplôme d’Etudes Approfondies INSA Toulouse, spécialité Microbiologie (encadrant Pr P. Monsan). – 1985 : Ingénieur INSA Toulouse, spécialité Génie Biochimique et Alimentaire. – 1982 : Diplôme Universitaire de Technologie de l’UPS, spécialité Mesures Physiques.
Ma thématique de recherche vise à étudier la structuration et la dynamique temporelle des communautés microbiennes de biofilms phototrophes en eaux courantes et le rôle fonctionnel de la diversité bactérienne. Modèle d’étude : agrégats microbiens benthiques phototrophes des écosystèmes lotiques. Milieux : (i) bioréacteur annulaire rotatif à écoulement Couette-Taylor (prototype avec source lumineuse interne), (ii) microcosme en canal expérimental (prototype de 36 mini-canaux hydrauliques instrumentés) ou (iii) cours d’eau (substrats artificiels ou naturels immergés). Processus étudiés : (i) Mécanismes de structuration des communautés microbiennes : rôle des grands forçages environnementaux d’origines anthropiques sur les successions écologiques (Doctorat E. Lyautey, 2005), (ii) Rôle fonctionnel de la biodiversité : réponse écotoxicologique des biofilms et potentiel de dégradation d’herbicides (Doctorat A. Paule, 2012), chimio-dynamique environnementale et fractionnement isotopique de métaux au sein des biofilms (Cu, Zn et nanoAg, Post-doctorat A. Gonzalez, 2013 ; Doctorat A. Coutaud, 2016 ; Doctorat E. Loustau, 2019), séquestration du CO2 par bio-carbonatation au sein de biofilms cyanobactériens (thèse en cours C. Lamérand), (iii) Fonctionnement écologique des rivières non permanentes: potentiel de reviviscence des micro-organismes benthiques, bio-indication par les peuplements de diatomées (Doctorat A. Barthès, 2014) et (iv) Traitement d’eaux usées en mangrove: capacités de résistance/résilience des communautés (végétation, macrofaune et microorganismes), réalisation du cycle de l’azote (Doctorat C. Capdeville, 2018). Participation à 55 jurys de thèse (dont 15 en qualité de rapporteur et 26 de président) et 8 jurys de HDR (dont 2 en qualité de garant, 1 de rapporteur et 3 de président). Président du Comité d’organisation du 50ème Congrès de l’Association Française de Limnologie : « Hydrosystèmes : biodiversité, fonctionnement et gestion », Toulouse 2007. Membre du comité d’organisation du 7ème Colloque du Réseau National Biofilms, Toulouse 2015, chairman d’une session. Encadrement doctoral et post-doctoral : Céline LAMERAND (2021) : « Modélisation expérimentale des processus de formation des minéraux carbonatés et silicatés au sein de biofilms cyanobactériens – applications à la séquestration du CO2 et l’analyse des paléo-biosphères ». Doctorat non soutenu de l’UPS en « Biogéochimie expérimentale », allocation de recherche du MESR, directeur de thèse O.S. Pokrovsky (GET – UPS), co-directeur J-L. Rols. Emilie LOUSTAU (2019) : « Effet des facteurs environnementaux sur la nature des EPS, la capacité de sorption du cuivre et le potentiel de résilience de biofilms phototrophes simplifiés ». Doctorat de l’UPS en « Ecologie microbienne », allocation de recherche du MESR avec charge d’enseignement (64 h/an), directeur de thèse J-L. Rols, co-directrice E. Girbal-Neuhauser (LBAE – UPS). Cécile CAPDEVILLE (2018) : « Évaluation des capacités de résistance et de résilience de l’écosystème mangrove en réponse à des apports d’eaux usées domestiques prétraitées ». Doctorat de l’UPS en « Ecologie microbienne », bourse sur financement ONEMA, directeur de thèse J-L. Rols, co-directrice J. Leflaive (EcoLab – UPS). Aude COUTAUD (2016) : « Contribution des biofilms de rivière aux flux, à la spéciation et au fractionnement isotopique des oligo-éléments métalliques (Cu, Zn) ». Doctorat de l’UPS en « Biogéochimie expérimentale», allocation de recherche du MESR avec charge d’enseignement (64 h/an), directeur de thèse O.S. Pokrovsky (GET – UPS), co-directeur J-L. Rols. Amélie ROUX-BARTHES (2014) : « Biofilms phototrophes de rivières non permanentes : dynamiques des communautés microbiennes et des populations de diatomées et pertinence de leur utilisation en bio-indication ». Doctorat de l’UPS en « Ecologie microbienne », bourse Cifre Asconit Consultants, directeur de thèse J-L. Rols, co-directeur L. Ten-Hage (EcoLab – UPS). Aridane GONZALEZ (2013) : « Transferts et devenir d’Argent ionique et nanoparticulaire comme contaminants métalliques émergents des rejets de STEP urbaines ». Financement post-doctoral Région Midi-Pyrénées, responsable J-L. Rols, co-encadrant O. Pokrovsky (GET – UPS). Armelle PAULE (2012) : « Dynamique des communautés microbiennes des biofilms phototrophes à différents niveaux d’intégration biologique : des successions écologiques aux réponses à l’exposition à un herbicide ». Doctorat de l’UPS en « Ecologie microbienne », allocation de recherche du MESR puis ATER UPS 2011 – 12, directeur de thèse J-L. Rols, co-directeur E. Paul (LISBP – INSAT). Prix Paul Sabatier 2012 de l’Académie des Sciences, Inscriptions et Belles Lettres de Toulouse. Emilie LYAUTEY (2005) : « Caractérisation, dynamique et facteurs de contrôle des communautés bactériennes des biofilms épilithiques ». Doctorat de l’UPS en « Ecologie microbienne », allocation de recherche du MESR, directeur de thèse J-L. Rols, co-directeur F. Garabétian (LEH – UPS). Encadrement Master 2 : Lisa VIUDEZ (2020) : « Biofilms et stromatolithes : niches de résistance des cyanobactéries biominéralisantes aux conditions extrêmes de l’océan précambrien ». Master « Surveillance et Gestion de l’Environnement » de l’UPS, co-encadrant L. Shirokova (GET – UPS). Marawit TESFA (2019) : « Biodégradation de la matière organique des lacs et sols subarctiques : approches microscopiques et structurales ». Master « Surveillance et Gestion de l’Environnement » de l’UPS, co-encadrant L. Shirokova (GET – UPS). Paty NAKHLE (2018) : « Modélisation expérimentale de la dégradation de la tourbe et de la production de CO2 et CH4 dans les lacs en zone de pergélisol, face au changement climatique». Master « Ecosystèmes & Anthropisation » de l’UPS, co-encadrant L. Shirokova (GET – UPS). Claire BOSCUS (2018) : « Etude des effets croisés de divers facteurs environnementaux sur la nature des EPS des biofilms phototrophes simplifiés ». Master « Ecosystèmes et Anthropisation » de l’UPS. Shams KOTEICHE (2017) : « Biofilms phototrophes soumis à différentes contraintes environnementales : relations entre structure des communautés microbiennes, nature des EPS, et biosorption de métaux ». Master « Surveillance et Gestion de l’Environnement » de l’UPS. Lidia FERNANDEZ ROJO (2014) : « L’argent ionique ou nano-particulaire est-il un biocide potentiel pour les micro-organismes benthiques, premier maillon de la chaîne trophique d’un cours d’eau ? ». Master « Hydrologie, Hydrochimie, Sol et Environnement » de l’UPS. Stéphane MOMBO (2013) : « Transferts et devenir d’Argent dans les fleuves comme contaminant métallique émergent des stations d’épuration urbaines ». Master « Ecologie et Biogéosciences de l’Environnement » de l’UPS, co-encadrant O.S. Pokrovsky (GET – UPS). Olivier BOSC (2011) : « Etude expérimentale en bioréacteur des interactions entre les éléments en traces métalliques (Cu, Zn) et un biofilm phototrophe ». Master « Hydrologie, Hydrochimie, Sol et Environnement » de l’UPS, co-encadrant O.S. Pokrovsky (GET – UPS). Alexandre LAMY (2010) : « Perturbations des communautés microbiennes benthiques d’eau douce par un herbicide : approche expérimentale en microcosmes ». Master « Fonctionnement des Ecosystèmes et Anthropisation » de l’UPS. Aude COUTAUD (2009) : « Contribution des agrégats microbiens benthiques aux flux et la spéciation des éléments en trace métalliques dans un cours d’eau ». Master « Hydrologie, Hydrochimie, Sol et Environnement » de l’UPS, co-encadrant O.S. Pokrovsky (GET – UPS). Asmaa BIAZ (2008) : « Biodégradation d’un herbicide, l’alachlore, par des communautés bactériennes de biofilm épilithique ». Master « Bio-ressources régions tropicales et méditerranéennes » de l’Université Paris 12. Armelle PAULE (2007) : « Biodégradation d’un fongicide, le Tébuconazole, par des communautés microbiennes de biofilm épilithique : un exemple de relation structure – fonction ». Master « Fonctionnement des Ecosystèmes et Anthropisation » de l’UPS, co-encadrant F. Garabétian (EcoLab – UPS).
Passées : Directeur du Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes – LEH, UMR 5177 CNRS / UPS de janvier 2003 à décembre 2006. Directeur–adjoint du Laboratoire d’Ecologie Fonctionnelle – EcoLab, UMR 5245 CNRS / UPS / INPT de janvier 2007 à décembre 2010. Vice-Président du Conseil Scientifique de l’UPS de janvier 2003 à février 2006. Vice-Président du Conseil des Etudes et de la Vie Universitaire de l’UPS d’octobre 2009 à mai 2012. Directeur du département Formation et Vie Etudiante du PRES Université de Toulouse d’octobre 2008 à septembre 2013. Membre élu de la Commission Formation et Vie Universitaire du Conseil Académique de l’UPS de 2012 à 2015. Membre élu du Conseil de l’UFR Faculté Sciences et Ingénierie de l’UPS de 2015 à 2019. Co-animateur de la Commission du personnel de la FSI. Membre élu du Conseil d’Administration de la COMUE Université de Toulouse Midi-Pyrénées de 2016 à 2017. Membre élu du Conseil National des Universités, section 67 « Biologie des populations – Ecologie » d’octobre 2007 à novembre 2019. Membre nommé de Comités de visite HCERES pour la section unités de recherche (UMR Ecologie, Systématique et Evolution Paris 2008, EA Etude et compréhension de la biodiversité Rouen 2010, UMR Laboratoire Micro-organismes : Génome et Environnement Clermont-Ferrand 2011) et pour la section des établissements (Université Paris Descartes 2013, PRES Grenoble Alpes Savoie 2014, Université de Nouvelle-Calédonie 2016, AgroParisTech 2019). Membre nommé du Comité d’évaluation du programme générique ANR CE 32 « Dynamique des socio-écosystèmes et de leurs composants en vue de leur gestion durable » de septembre 2016 à juillet 2020, Vice-Président de ce comité en 2018-19 et 2019-20. Actuelles : Conseiller Affaires Institutionnelles du Président de l’UPS depuis janvier 2020. Membre élu du Conseil d’Administration de la COMUE Université de Toulouse Midi-Pyrénées de décembre 2020 à mars 2023. Membre nommé du collège scientifique BEST de l’UPS (Biodiversité, écologie et sciences de la terre) depuis 2022. Elu du Groupe d’Avancement E (Biologie et Pharmacie) des Professeurs des Universités de l’UPS depuis 2022.
Publications récentes M. KUZMINA, A.G. LIM, S.V. LOIKO, N. SHEFER, L.S. SHIROKOVA, F. JULIEN, J.L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2023). Porewater and dispersed ice of permafrost peatlands as important sources of labile water-soluble carboxylic acids, nutrients and metals. Geoderma,429, 116256. LAMERAND, L.S. SHIROKOVA, M. PETIT, P. BENEZETH, J-L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2022) Kinetics and mechanisms of cyanobacterially-induced precipitation of magnesium silicate. Geobiology, 20 (4), 560-574. LAMERAND, L.S. SHIROKOVA, P. BENEZETH, J-L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2022). Carbon sequestration potential of Mg carbonate and silicate biomineralization in the presence of cyanobacterium Synechococcus. Chemical Geology, 599, 120854. LOUSTAU, J. LEFLAIVE, C. BOSCUS, Q. AMALRIC, J. FERRIOL, O. OLEINIKOVA, O.S. POKROVSKY, E. GIRBAL-NEUHAUSER et J.L ROLS (2021). The response of EPS production by phototrophic biofilms to a sequential disturbance strongly depends on environmental conditions. Frontiers in Microbiology, 12, 742027. L.S. SHIROKOVA, D. PAYANDI-ROLLAND, A.G. LIM, R.M. MANASYPOV, J. ALLEN, J.L. ROLS, P. BENEZETH, J. KARLSSON et O.S. POKROVSKY (2020). Diel cycles of carbon, nutrient and metal in humic thaw ponds of permafrost peatlands. Science of the Total Environment, 737, 139671. A. COUTAUD, A. PAULE, M. MEHEUT, J. VIERS, J.L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2020). Elemental and isotopic variations of Cu and Zn associated with the circadian activity of phototrophic biofilm. Environmental Science & Technology, 54 (11), 6741-6750. D. PAYANDI-ROLLAND, L. SHIROKOVA, P. NAKHLE, M. TESFA, A. ABDOU, C. CAUSSERAND, B. LARTIGES, J.L. ROLS, F. GUERIN, P. BENEZETH et O.S. POKROVSKY (2020). Effects of temperature and inoculation level by culturable heterotrophic bacteria on aerobic release and biodegradation of dissolved organic matter from frozen peat. Chemical Geology, 536, 119448. C. LAMERAND, L. SHIROKOVA, P. BENEZETH, J.L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2020). Olivine dissolution and hydrous Mg carbonate and silicate precipitation in the presence of microbial consortium of photo-autotrophic and heterotrophic bacteria. Geochemica et Cosmochimica Acta, 268, 123-141. E. LOUSTAU, J. FERRIOL, S. KOTEICHE, L. GERLIN, J. LEFLAIVE, F. MOULIN, E. NEUHAUSER-GIRBAL et J.L. ROLS (2019). Physiological responses of three mono-species phototrophic biofilms exposed to Copper and Zinc. Environmental Science and Pollution Research, 26, 35107-35120. C. CAPDEVILLE, K. ABDALLAH, R. WALCKER, J.L. ROLS, F. FROMARD et J. LEFLAIVE (2019). Contrasted resistance and resilience of two mangrove facies after exposure to long-term and short-term anthropic disturbances. Marine Environmental Research, 146, 12-23. A. COUTAUD, M. MEHEUT, J. VIERS, J.L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2019). Copper isotope fractionation during excretion from a phototrophic biofilm. Chemical Geology, 513, 88-100. C. CAPDEVILLE, T. POMMIER, J. GERVAIX, F. FROMARD, J.L. ROLS et J. LEFLAIVE (2019). Resistance and resilience of microbial communities in mangrove sediments exposed to anthropic disturbance. Frontiers in Microbiology, 9, 3337 C. CAPDEVILLE, K. ABDALLAH, E. BUFFAN-DUBAU, C. LIN, F. AZEMAR, L. LAMBS, F. FROMARD, J.L. ROLS et J. LEFLAIVE (2018) Limited impact of several years of pretreated wastewater discharge on the fauna and vegetation in a mangrove ecosystem. Marine Pollution Bulletin, 129 (1), 379-391. E. LOUSTAU, J.L. ROLS, J. LEFLAIVE, C.E. MARCATO-ROMAIN et E. GIRBAL-NEUHAUSER (2018). Comparison of methods for extracellular polymeric substances extraction from aggregates of three biofilm-forming phototrophic micro-organisms. Canadian Journal of Microbiology, 64 (11), 887-899. S. COMPTE-PORT, C.M. BORREGO, H. MOUSSARD, M. JEANBILLE, C.X. RESTREPO-ORTIZ, A. de DIEGO, A. RODRIGUEZ-IRURETAGOIENA, A. GREDILLA, S. FDEZ-ORTIZ de VALLEJUELO, P. GALAND, D. KALENITCHENKO, J.L. ROLS, O.S. POKROVSKY, A. GONZALEZ, L. CAMARERO, E. NAVARRO-NAVARRO et J.C. AUGUET (2018). Metal contaminations impact archaeal community composition, abundance and function in remote alpine lakes. Environmental Microbiology, 20 (7), 2422-2437. A. COUTAUD, M. MEHEUT, P. GLATZEL, G.S. POKROVSKI, J. VIERS, J.L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2018). Small changes in Cu redox state and speciation produce large isotope fractionation during adsorption and incorporation of Cu by a phototrophic biofilm. Geochemica et Cosmochimica Acta, 220, 1-18. L.S. SHIROKOVA, R. BREDOIRE, J.L. ROLS et O.S POKROVSKY (2017). Moss and peat leachate degradability by heterotrophic bacteria: fate of organic carbon and trace metals. Geomicrobiology Journal, 34 (8), 641-655. A. GONZALEZ, L. FERNANDEZ-ROJO, J. LEFLAIVE, O.S. POKROVSKY et J.L. ROLS (2016). Response of three biofilm-forming benthic microorganisms to Ag nanoparticles and Ag+: the diatom Nitzschia palea, the green alga Uronema confervicolum and the cyanobacteria Leptolyngbya sp. Environmental Science and Pollution Research, 23 (21), 22136-22150. A. PAULE, V. ROUBEIX, G.D.W. SWERHONE, B. LAUGA, R. DURAN, F. DELMAS, E. PAUL, J.L. ROLS et J.R. LAWRENCE (2016). Comparative responses of river biofilms at the community-level to common organic solvent and herbicide exposure. Environmental Science and Pollution Research, 23, 4282–4293. L.S. SHIROKOVA, L. KUNHEL, J.L. ROLS et O.S. POKROVSKY (2015). Experimental modeling of cyanobacterial bloom in a thermokarst lake. Aquatic Geochemistry, 21, 487-511. A. PAULE, A. BIAZ, J. LEFLAIVE, J.R. LAWRENCE et J.L. ROLS (2015). Fate of the herbicide alachlor exposed to different microbial consortia in aquatic systems. Water, Air & Soil Pollution, 226 (2), 1-14. A. PAULE, A. LAMY, V. ROUBEIX, F. DELMAS et J.L. ROLS (2015). Influence of the natural growth environment on the sensitivity of phototrophic biofilm to herbicide. Environmental Science and Pollution Research, 22 (11), 8031-8043. A. GONZALEZ, S. MOMBO, J. LEFLAIVE, A. LAMY, O. POKROVSKY et J.L. ROLS (2014). Silver nanoparticles impact the phototrophic biofilm communities in a much stronger degree than the ionic silver. Environmental Science and Pollution Research, 22 (11), 8412-8424. A. BARTHES, L. TEN-HAGE, A. LAMY, J.L. ROLS et J. LEFLAIVE (2015). Resilience of aggregated microbial communities submitted to drought – Small-scale studies. Microbial Ecology, 70 (1), 9-20. A. BARTHES, J. LEFLAIVE, S. COULON, F. PERES, J.L. ROLS et L. TEN-HAGE (2015) Impact of drought on diatom communities and the consequences for the use of Diatom Index values in the Maureillas river (Pyrénées-Orientales, France). River Research and Applications, 31 (8), 993-1002. A. COUTAUD, M. MEHEUT, J. VIERS, J.L. ROLS et O. POKROVSKY (2014). Zn isotope fractionation during its interaction with phototrophic biofilm. Chemical Geology, 390, 46-60. A. PAULE, V. ROUBEIX, B. LAUGA, R. DURAN, F. DELMAS, E. PAUL et J.L. ROLS (2013) Changes in tolerance to herbicide toxicity throughout development stages of phototrophic biofilms cultivated in rotating annular bioreactor. Aquatic Toxicology, 144-145, 310-321. A. PAULE, B. LAUGA, L. TEN-HAGE, J. MORCHAIN, R. DURAN, E. PAUL et J.L. ROLS (2011) A photosynthetic rotating annular bioreactor (Taylor-Couette type flow) for phototrophic biofilm cultures. Water Research, 45 (18), 6107-6118. G. VAZQUEZ-RODRIGUEZ, R. BELTRAN-HERNANDEZ, C. CORONEL-OLIVARES et J.L. ROLS (2011) Standardization of activated sludge for biodegradation tests. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 401 (4), 1127-1137. A. PAULE, E. LYAUTEY, F. GARABETIAN et J.L. ROLS (2009) Autogenic versus environmental control during development of river biofilm. International Journal of Limnology, 45, 1-10. G. VAZQUEZ-RODRIGUEZ, F. GARABETIAN et J.L. ROLS (2007) Inocula from activated sludge for ready biodegradability testing: homogenization by preconditioning. Chemosphere, 68, 1447-1454. G. VAZQUEZ-RODRIGUEZ, A. CALMON, F. SILVESTRE, G. GOMA et J.L. ROLS (2006) Effect of the inoculation level in aerobic biodegradability tests of polymeric materials. International Biodeterioration and Biodegradation, 58, 44-47. E. LYAUTEY, C.R. JACKSON, J. CAYROU, J.L. ROLS et F. GARABETIAN (2005) Bacterial community succession in natural river biofilm assemblages. Microbial Ecology, 50, 589-601. E. LYAUTEY, B. LACOSTE, L. TEN-HAGE, J.L. ROLS et F. GARABETIAN (2005) Analysis of bacterial diversity in river biofilms using 16S rDNA PCR-DGGE : methodological settings and fingerprints interpretation. Water Research, 39 (2-3), 380-388. E. LYAUTEY, S. TEISSIER, J.Y. CHARCOSSET, J.L. ROLS et F. GARABETIAN (2003) Bacterial diversity of epilithic biofilm assemblages of an anthropised river section, assessed by DGGE analysis of 16S rDNA fragment. Aquatic Microbial Ecology, 33, 217-224. J.M. SANCHEZ-PEREZ, P. VERVIER, F. GARABETIAN, C. BOUEY, S. SAUVAGE, M. LOUBET, J.L. ROLS et T. BARIAC (2003) Nitrogen dynamic in the shallow groundwater of a riparian wetland zone: nitrate inputs, bacterial densities, organic matter supply and denitrification measurements. Hydrology and Earth System Sciences, 7 (1), 97-107.
Actions Scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2022) : Biogéochimie des glaces de pergélisol comme source de carbone, de nutriments et de microorganismes pour les eaux de surface de l’Arctique. 2 laboratoires, coordonnateurs : J.L. Rols et O. Pokrovsky (GET Toulouse) (12 k€). Actions Scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2021) : Formation de silicates magnésiens de lacs de Pantanal lors de bloom cyanobactérien comme analogue moderne de bio-minéralisation précambrienne. 2 laboratoires, coordonnateurs : O. Pokrovsky (GET Toulouse) et J.L. Rols (5 k€). Programme Défi Origines (de l’inerte au vivant) du CNRS (2020) : Biominéralisation des carbonates et silicates magnésiens au sein des biofilms : approche expérimentale du fonctionnement de stromatolithes précambriens. 3 laboratoires, coordonnateur O. Pokrovsky (GET Toulouse) (15 k€). Actions Scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2019) : Dégradation microbiologique de la matière organique des zones de pergélisols de tourbière comme source de gaz à effet de serre. 2 laboratoires, coordonnateur : L. Shirokova (GET Toulouse) et J.L. Rols (10 k€). ANR Projet de Recherche Collaborative International (2018-20) : « Regime shifts in freshwater ecosystems exposed to multiple stressors by increasing temperature, fertilizers and pesticides ». 5 laboratoires (France et Allemagne), coordonnatrice : E. Gross (LIEC Metz), pour EcoLab J. Leflaive (175 k€). EC2CO INSU, axe Biogéochimie, Hydrologie et Fonctionnement des Ecosystèmes (2018-19) : « Impact of Multiple Stressors (Temperature, Eutrophication & Pesticides) on Shifts and Nutrient Cycling in a Benthic-Pelagic Community ». 2 laboratoires, coordonnatrice : J. Leflaive (25,5 k€). Actions Scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2018) : « Dégradation de la tourbe et production de gaz à effet de serre dans les lacs thermokastiques (aérobie et anaérobie) ». 2 laboratoires, coordonnateurs : L. Shirokova (GET – UPS) et J.L. Rols (3,5 k€). Actions Scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2017) : « Fonctionnement biogéochimique de cours d’eau intermittents exposés à des contaminations métalliques ». 2 laboratoires, coordonnateur : J.L. Rols (5 k€). Idex Transversalité Toulouse (2016-18) : « Phototrophic biofilms : trace metal interactions with EPS ». 3 laboratoires, coordonnateur : J.L. Rols (63,8 k€). PEPS Mangroves INEE (2015) : « Biocénose des sédiments de mangrove et bioremédiation ». 3 laboratoires, coordonnateur : J. Leflaive (14 k€). Axe transverse Environnement Santé et Société de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2014) : « L’argent ionique ou nano-particulaire est-il un biocide potentiel pour les micro-organismes benthiques, premier maillon de la chaîne trophique d’un cours d’eau ? » 2 laboratoires, coordonnateur : J.L. Rols (1,8 k€). Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques – ONEMA (2014 – 17) : « Impact des rejets d’eaux usées domestiques sur la biocénose benthique d’une mangrove. Application au site pilote de Malamani, Mayotte ». Coordonnateur : F. Fromard, J. Leflaive et J.L. Rols (200 k€). Actions scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2013) : « Rôle des microorganismes aquatiques sur le cycle biogéochimique du carbone dans les régions arctiques et boréales », 2 laboratoires, coordinatrice : L. Shirokova (GET – UPS) (10 k€). Communauté de Travail des Pyrénées (2013-14) : « Impact des contaminations métalliques globales (i.e. atmosphériques) et locales (i.e. activités minières) sur les communautés microbiennes des lacs pyrénéens », 7 laboratoires, coordinateur : J.C. Auguet (Université de Pau et des Pays de l’Adour) (51 k€). Action inter-régionale Midi-Pyrénées et Aquitaine : Recherche et Transfert de Technologie (2010 – 13) : « Pratiques domestiques, perception, présence, transferts et devenir d’Argent comme contaminant métallique émergent parmi d’autres métaux urbains rejetés dans les fleuves et estuaires », 4 laboratoires, coordinateurs : J. Schäfer (EPOC – UB1) et J.L. Rols (81 k€). Communauté de Travail des Pyrénées (2008 – 09) : « Effet des polluants sur les agrégats microbiens benthiques : mise au point d’outils moléculaires pour évaluer l’impact d’une pollution dans les milieux aquatiques ». 4 laboratoires, coordonnateur : R. Duran (Université de Pau et des Pays de l’Adour) (23 k€). Programme EC2CO de l’INSU, axe Microbiologie Environnementale (2008 – 09) : « Agrégats microbiens benthiques : réponse fonctionnelle de communautés microbiennes exposées à des pesticides ». 4 laboratoires, coordonnateur : J.L. Rols (40 k€). Actions Scientifiques de l’Observatoire Midi-Pyrénées (2008) : « Contribution des agrégats microbiens benthiques aux flux et la spéciation des éléments majeurs et en traces dans le bassin versant de la Garonne : expériences préliminaires en laboratoire ». 2 laboratoires, coordonnateurs : J.L. Rols et O. Pokrovsky (GET – UPS) (7 k€). Programme EC2CO de l’INSU, axe Cycles hydro-biogéochimiques, transferts et impacts écotoxicologiques (2008 – 09) : « Couplage de cycles d’éléments majeurs (Ca, Si, C) et de métaux en traces (oligoéléments) avec l’activité microbienne dans des lacs de climats arctiques et subarctiques : approche de terrain et modélisation expérimentale ». 3 laboratoires, coordonnateur : O. Pokrovsky (GET – UPS) (7 k€).
Traitement biologique des eaux usées : Microbiologie : métabolisme microbien, dynamique et contrôle de la croissance, processus de minéralisation de la matière organique, élimination des polluants azotés et phosphorés. Bioréacteurs : hydrodynamique des bassins, mode de fonctionnement, modèles cinétiques. Procédés de traitement (dimensionnement pour les éléments C – N – P et production de boues) : lagunage, lagunage aéré, boues activées, lit bactérien, disques biologiques, biofiltres, digesteurs, compostières. Ecologie microbienne et applications environnementales : Microbiologie environnementale : contribution des micro-organismes dans l’écologie des eaux et des sols (boucle microbienne, réseaux microbiens et interactions), Habitats microbiens et adaptation aux conditions extrêmes. Ecologie microbienne : cycles biogéochimiques C, N, P S, Fe et Mn (fonctions et facteurs de contrôle), applications à l’agronomie ou la préservation de la qualité des eaux continentales. Formations : Licence1 mention « Sciences de la Vie », UPS. Licence3 mention « Sciences de la Vie », parcours « Biodiversité et biologie environnementale », itinéraire « Ingénierie pour l’environnement », UPS. Master1 et M2 mention « Biodiversité, écologie et évolution », parcours « Ecosystèmes et anthropisation », UPS. Master2 mention « Sciences de la terre et des planètes, environnement », parcours « Observation et gestion durable de l’environnement », UPS. 3ème année école UPSSITECH, spécialité « Génie civil et géosciences », UPS. Responsabilités : Module obligatoire « Réhabilitation par ingénierie écologique » (26 h au 1er semestre, 20 étudiants), L3 « Sciences de la vie ». Module obligatoire « Traitement biologique des eaux usées » (26 h au 2nd semestre, 26 étudiants), L3 « Sciences de la vie ». Module à choix « Ecologie microbienne et applications environnementales » (48 h au 2nd semestre, 18 étudiants), M1 « Biodiversité, écologie et évolution ». Module obligatoire « Réhabilitation de milieux anthropisés » (38 h au 1er semestre, 26 étudiants), 3ème année UPSSITECH « Génie civil et géosciences ». Pour la période 2016 – 2020, j’ai partagé la co-responsabilité de la mention de la Licence Sciences de la Vie de l’UPS. Cette Licence concerne 2500 étudiants et regroupe 6 parcours comprenant 11 années de formation.
