Près de 1/3 des ressources financières annuelles du laboratoire proviennent de contrats avec des industriels, agences environnementales, fondations et associations, dans le cadre de partenariats de long terme : EDF, Veolia, Total, Axa, Laboratoire HYDRECO, Agences de l’Eau française et européennes, Parc National de Pyrénées, etc.
Cette spécificité tient à la diversité des expertises, largement reconnues, des équipes du Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement dans les domaines de la bioindication, de l’écotoxicologie, de la modélisation environnementale, ou encore de l’ingénierie écologique. Nombre de membres du laboratoire siègent dans les instances scientifiques de partenaires socio-économiques, où ils participent aux réflexions prospectives et de définition de priorités en R&D.
Le Laboratoire Ecologie Fonctionnelle et Environnement continuera à développer des recherches fondamentales et finalisées répondant aux attentes de la société en matière de diagnostic et d’évaluation de l’état des milieux au regard d’objectifs de qualité, de définition d’indicateurs bio-écologiques, de gestion de la biodiversité et des écosystèmes, de services écosystémiques, et d’ingénierie écologique.